明嘉靖年间，张琏兵败，率数万军民远渡南洋，在风暴、饥荒与追兵夹击中寻找生路。流落旧港后，他们从一群无家可归的外来者起步，携手华商与本地部族，平海盗、建船厂、通商路，在重重权谋与战火中重建飞龙，让不同族群拥有共同的家园。然而，繁荣的港口引来葡萄牙殖民势力与周边强权的觊觎，昔日盟友反目，内部利益撕裂，向故国送出的求援与通商愿望也久久没有回音。当海上封锁逼近、旧港陷入绝境，张琏与生死相随的伙伴们必须在守城、赴死与护民之间作出抉择。一面飞龙旗，见证了流亡者从绝境求生到开创新邦的壮阔征程，也承载着他们对故土的思念与守护家园的信念。
