柯南一行人在露营的回家途中顺道参观一座位于西多摩市境内即将在近期完成的全日本最高双塔摩天大楼。而这摩天大楼的拥有者同时也邀请了小五郎与小兰前来参加开幕典礼，因而与柯南一行人偶然巧遇。一行人在秘书的带领之下参观了这座两栋几乎一模一样的最尖端高科技双塔摩天大楼。但是，此时在这摩天大楼里却出现了多位与此建筑物有着不同关系的人士，不久之后第一个杀人事件发生了。而且，令人不敢相信的是黑衣组织的成员竟然同时也在大楼附近出现……